フラグメントベースドバーチャルスクリーニング (FBVS)
バーチャルスクリーニング (virtual screening; VS) は、大きな化合物ライブラリから有望な薬剤候補を計算機で選抜する、創薬の初期段階において広く用いられる手法です。 近年のライブラリは数百万化合物～数億化合物以上もの登録件数になっており、 全化合物への従来のドッキング計算は現実的ではありません。 私たちは、化合物間で共通する部分構造（フラグメント）に着目し、 フラグメント単位で計算結果を再利用することで計算量を劇的に削減する フラグメントに基づくバーチャルスクリーニング (fragment-based VS; FBVS) を研究しています。
- フラグメント単位のドッキング：化合物をフラグメントに分割してドッキング計算を行い、共通フラグメントの結果を異なる化合物間で再利用することで大規模 VS を高速化
- プレスクリーニング：フラグメント単体やフラグメントペアに基づく粗い化合物評価を行うことで、1,000倍以上高速な計算を実現