赤木果歩氏（東京科学大学 秋山研究室）、秋山泰氏（同研究室）と当研究室の柳澤が共同執筆した論文が、オープンアクセス誌 Journal of Chemical Information and Modeling に掲載されました。
本研究では、structure-based virtual screening (VS) の主要なステップであるタンパク質-リガンドドッキング計算の精度向上を目指し、4種類のプローブ分子を用いた共溶媒分子動力学 (MSMD) シミュレーションを実施しました。得られたプローブ原子の空間分布から、5種類の原子分類 (XS_types) に対応するグリッド自由エネルギーを算出し、これをドッキングのスコアリング関数の補正に利用する手法を提案しています。9種類の標的タンパク質に対する VS 実験の結果、平均 EF1% が 6.65 から 7.36 に向上し、本手法が VS の精度向上に寄与することが示されました。
Kaho Akaki, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama, "Probe-Atom Distributions Obtained from Mixed-Solvent Molecular Dynamics Improve the Scoring of Docking Calculations", Journal of Chemical Information and Modeling 66, 10971-10981, 2026/8. DOI: 10.1021/acs.jcim.6c00947